2003年上半年，香港爆發「沙士」疫情，嚴重衝擊本地經濟。6月29日，在正訪港的國務院總理溫家寶見證下，香港與內地簽署《內地與香港關於建立更緊密經貿關係的安排》。

CEPA協議的3個範疇，包括逐步實行貨品零關稅優惠，進一步開放服務業以及貿易投資便利化。香港大學專業進修學院董事局主席陳坤耀教授表示：「CEPA 是香港第一次出現自由貿易協議。最重要其實CEPA在服務貿易方面大力加強，令到香港服務業更順利進入內地。」

協議在2004年1月生效，首年享有零關稅進口內地的貨品總值超過11億港元，超過一千名港人成功北上，在廣東省登記成為個體商戶，從事零售等業務。

多年來內地和香港簽署多項補充協議，擴闊CEPA 的內容和範疇，涵蓋貿易、金融、旅遊、文化、區域合作等領域。至2019年累計近千億港元貨物，以零關稅進口內地。