2005年10月4日，經國家科技部批准，香港大學兩間國家重點實驗室夥伴實驗室開幕，是境外首次亦是香港首批國家重點實驗室，其中「新發傳染性疾病實驗室」重點研禽流感、沙士等傳染病；「腦與認知科學實驗室」研究項目包括讀寫障礙、自閉症等。

科技部先後與本港多間大學合作，一共設立16間國家重點實驗室及6間國家工程技術研究中心香港分中心。科技部部長萬鋼2015年來港主持授牌儀式及表揚各單位的貢獻。

港區全國人大代表黃玉山表示：「其實這些重點實驗室的成立，之前反映內地相關科學家與香港不同院校已經有科研合作，有些項目已經進行而且取得很好的成績，因此將這些項目發展成不同的國家重點實驗室。」2004年粵港推出的「粵港科技合作資助計劃」鼓勵兩地大學科研機構和企業加強合作，截至今年10月，共有超過300個核准項目，資助金額超過9億元。